Destio небольшой блог

Запуск и параллелизация Firefly (PC GAMESS) под Linux

Firefly можно бесплатно скачать с официального сайта. Для получения ключа к вложенному архиву нужно написать регистрационное письмо Алексу Грановскому, который обычно довольно быстро (один-два дня) ответит и пришлет пароль. Инструкции по написанию находятся во внешнем архиве. Установить Firefly его также сложно, как и Gaussian (просто распаковать и уже можно работать).

Для работы на одной многоядерной машине проще всего работать с MPICH-версией Firefly

Запуск и параллелизация версии для MPICH

Собственно программа представляет собой пять файлов: fastdiag.ex, p4stuff.ex, pcgamess, pcgp2p.ex, procgrp. Последний необходим для параллелизации расчетов , это обычный plain text который содержит только надпись local 3 (число это максимальное количество ядер, на котором планируется запускать-1).
Чтобы запускать расчеты на нескольких ядрах ничего делать не нужно, лишь использовать особый скрипт для запуска. Для удобства при запуске Firefly можно использовать уже готовый скрипт на Perl (предварительно исправив пути к программе и к временным папкам), например такой (запустит параллельный расчет сразу на 7 ядрах):

#!/usr/bin/perl
$in_type = "dat";  #filetype for input
$out_type = "gms"; #output filetype
$ff_path = "/opt/q/gamess7"; #firefly path
$tmpdir = "/calc/gamess/g";  #tmp path
$proc = 7; #core count
foreach $file (@ARGV)
{ if ($file =~ m/dat/)
{ $file =~ s/.dat//;
until ($proc == 0)
{ `mkdir $tmpdir-$proc`;
`cp -r $ff_path/* $tmpdir-$proc/`;
$proc -= 1;
}
unlink "$tmpdir-1/PUNCH" ;
print "processing $file\t";
`cp -a $file.dat $tmpdir-1/input`;
`ssh hostname $tmpdir-1/pcgamess -o $tmpdir-1/$file.gms $tmpdir-1/ $tmpdir-2/ $tmpdir-3/ $tmpdir-4/ $tmpdir-5/ $tmpdir-6/ $tmpdir-7/ -p4pg procgrp &`;
print "done\n";
`mv -f $tmpdir-1/PUNCH $file.pun;`;
`mv -f $tmpdir-1/$file.gms $file.gms`;
`rm -rf $tmpdir-*`;
}
}

Если при запуске Firefly ругается и вылетает:

TID 25488 caught signal 7, exiting.
Dump of registers follows

от этого поможет патч с официальной страницы. Патч сделан для версии Firefly 7.1.G, но он работает и для PC GAMESS version 7.1.F (Firefly), который страдает похожей проблемой.

Ярлыки:


Ближайшие сообщения:

Похожие сообщения:

Комментарии к этой записи отключены.