Destio небольшой блог

Расчет переходных состояний в Gaussian

Для расчета переходного состояния в Gaussian 09 используется параметр Opt(TS).
При этом без указания на расчет силовых констант (например calcFC) расчет не идет.
Без параметра NoEigenTest расчет может выпадать после первого шага оптимизации из-за того что в изначальном гессиане будет не одно, а несколько отрицательных значений.

Итоговые параметры: Opt(TS,calcFC,NoEigenTest), ну и геометрия, близкая к переходному состоянию.

Другой способ расчета переходных состояний – это использование параметра Opt(QST2). В таком случае нужно задавать сразу две геометрии: начальную и конечную, между которыми и нужно найти TS, при этом порядок атомов обязательно должен быть одинаков в обоих геометриях.

1 2.037641000 -1.612094000 0.000000000 #конец первого состояния
# пустая строка
# комментарий
# пустая строка
0 1 # заряд и мультиплетность второго состояния
7 0.007018000 -1.700881000 0.000000000 # первые координаты второго состояния

Ближайшие сообщения:

Похожие сообщения:

Комментарии к этой записи отключены.

Комментариев примерно 5

  • Здесь без сканирования. Просто в процессе оптимизации он будет сваливаться не в минимум на ППЭ, а в седловую точку

  • А как задавать геометрию исх и конечных продуктов, чтобы сохранить порядок атомов? Я например, в качестве теста для реакции Дильса-Альдера этилен и 1,3-бутадиен рисовал в hyperChem, продукт – соединил связью С и переставил = связи, потом перевёл координаты в xyz – в самом конце link9999 Гауссиан заявил, что еррор и результатов выдавать не собирается =(

  • лучше задавать геометрии в Chemcraft, там несложно следить за нумерацией атомов. Номер атома это просто строка, которую он занимает в xyz файле, можно вручную выставить требуемый порядок

  • Попробовал и в Chemcrafte =( не идёт((( Запускаю из под Linuxa, с кодировками вроде всё в порядке UTF-8. А если не слишком затруднительно, не могли бы вы скинуть какую-нибудь простенькую задачку на нахождение переходного состояний QST2, просто опробовать. Буду очень признателен – max_sam[a]mail.ru

Хранение вещей в москве индивидуальные боксы для хранения москва www.skladovka.ru.