Destio небольшой блог

Учет неспецифической сольватации в Gaussian 09

Обычный учет растворителя

При неспецифическом учете растворителя, итоговая энергия включает в себя все поправки и выглядит следующим образом:

SCF Done: E(RTPSS-TPSS) = -797.383911417 A.U. after 15 cycles
Convg = 0.2583D-08 -V/T = 2.0032

По умолчанию Gaussian 09 не производит учет неэлектростатических взаимодействий с растворителем. Чтобы это исправить, нужно добавить параметр Read к группе SCRF:

SCRF=(Solvent=Water,Read)

а в конце указать три параметра, обозначающих различные взаимодействия, которые и будут Read:

1 2.191098000 -3.305020000 1.136831000 # конец координат
# пустая строка
dis rep cav # параметры
# пустая строка

dis учет дисперсионных взаимодействий
rep учет энергии отталкивания
cav учет энергии на образование пузырька
Сумма этих трех параметров будет выведена как

PCM non-electrostatic energy =         0.0231716484 Hartrees.

и будет включена в энергию, указанную в SCF Done

Расчет термохимии в PCM

Термохимия будет расчитана обычным образом, при этом в качестве “электронной энергии (electronic energy)” будет использована энергия SCF Done, включающая в себя все сольватные поправки.

External Iteration

>Чтобы Gaussian 09 в явном виде выводил значение электростатических взаимодействий с растворителем и давал подробные значения остальных взаимодействий, нужно считать с параметром ExternalIteration. Это уже другой метод работы с моделью поляризованного континуума, отличный от используемого по умолчанию, хотя для DFT расчетов разницы никакой нет. Насколько я понял, особенности этого метода проявляются только в постхартрифоковских методах. С этим параметром возможны исключительно Single Point расчеты.
ример вывода результатов PCM расчета с использованием ExternalIteration:

Self-consistent PCM results
===========================
(a.u.) = -76.196032                       (1)
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)> (a.u.) = -76.204221                                (2)
Total free energy in solution:
- with all non electrostatic terms (a.u.) = -76.201551               (3)
--------------------------------------------------------------------
(Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -5.14                             (4)
--------------------------------------------------------------------
Cavitation energy (kcal/mol) = 4.48
Dispersion energy (kcal/mol) = -3.08
Repulsion energy (kcal/mol) = 0.28
Total non electrostatic (kcal/mol) = 1.68                                     (5)
--------------------------------------------------------------------
Partition over spheres:
Sphere on Atom Surface Charge GEl GCav GDR
1 O1 26.83 0.205 -2.85 1.94 -1.24
2 H2 14.40 -0.103 -1.15 1.27 -0.78
3 H3 14.40 -0.103 -1.15 1.27 -0.78
--------------------------------------------------------------------
After PCM corrections, the energy is -76.2015510005 a.u.      (6)
--------------------------------------------------------------------
где (1) – это энергия соединения с волновой функцией из PCM, но без учета  взаимодействий с растворителем. (2) – конечная энергия (SCF Done), учитывающая электростатические взаимодействия (2) = (1) + (4). Значения (3) и (6) обычно равны (не встречал исключений), при этом (3) = (2) + (5), что логично.

(!) в ExternalIteration, в отличие от обычного PCM, в SCF Done неэлектростатические взаимодействия не включаются.

 

Ярлыки: , ,


Ближайшие сообщения:

Похожие сообщения:

Комментарии к этой записи отключены.