Destio небольшой блог

   

Квантовая химия

Описание рубрики

Термохимия в Gaussian

Для того чтобы Gaussian рассчитал всю термохимию достаточно указать параметр freq во входном файле. При этом, дополнительно к электронной энергии, будут рассчитаны такие параметры как энергия нулевых колебаний ZPE, энтропия и термические поправки к энергии. Из этих чисел несложно получить энергию Гиббса и энтальпию, которые тоже появляются в результатах. По умолчанию расчет идет для температуры […]

,

Заметки по Chemcraft

В комплекте с программой идет простенький скрипт для запуска, который, вроде бы, свою функцию выполняет, но имеет огромные проблемы с запуском файлов с пробелом в названии или пути. Chemcraft их открыть может, но если запускать его с файлом в качестве параметра (например при двойном клике и т.п.), то ничего не откроется. Простейший путь для исправления […]

,

Ошибки Gaussian

Ошибки со сходимостью Error in internal coordinate system Error termination via Lnk1e in /opt/q/g09/l103.exe at Sun Sep 16 21:42:43 2012. Command exited with non-zero status 1 В этом случае обычно помогает оптимизация с использованием декартовой системы координат Opt(Cartesian). При этом использование параметра Cartesian может приводить к осложнениям с оптимизацией геометрии и просто ухудшать сходимость, поэтому его […]

Как бороться с мнимыми частотами

Чем больше и несимметричнее система, с которой приходится работать, тем чаще при оптимизации появляются мнимые частоты с небольшими значениями (особенно если используются модели вроде PCM). Это неприятно, неудобно и вызывает сомнения в качестве полученных результатов. Как правило, с помощью некоторых способов, их комбинаций и такой-то матери, от частот обычно можно избавиться. Подробнее о способах: I. […]

Учет неспецифической сольватации в Gaussian 09

Обычный учет растворителя При неспецифическом учете растворителя, итоговая энергия включает в себя все поправки и выглядит следующим образом: SCF Done: E(RTPSS-TPSS) = -797.383911417 A.U. after 15 cycles Convg = 0.2583D-08 -V/T = 2.0032 По умолчанию Gaussian 09 не производит учет неэлектростатических взаимодействий с растворителем. Чтобы это исправить, нужно добавить параметр Read к группе SCRF: SCRF=(Solvent=Water,Read) […]

, ,

Изменения параметров при расчете в PCM

Влияние величины alpha на энергетические характеристики Alpha это масштабирующий коэффициент для Ван-дер-ваальсовых сфер при расчетах в PCM. В Gaussian 09 по умолчанию равен 1.1 (в Gaussian 03 — 1.2). Изменение alpha приводит к изменениям в геометрических и энергетических характеристиках. Исключение составляет энтропия, которая или не меняется вообще, или меняется очень мало. Изменение энергии Гиббса при […]

, ,

Перестановка молекулярных орбиталей

Firefly Для перестановки орбиталей нужно в группе $GUESS указать параметр NORDER=1, после этого с помощью параметров IORDER (только для альфа орбиталей) и JORDER (для альфа и бета орбиталей изменяется порядок орбиталей. $GUESS NORDER=1 IORDER(34)=50 IORDER(50)=34 IORDER(43)=51 IORDER(51)=43 $END В данном примере меняются местами 34 — 50 и 43 — 51 орбитали. ORCA

Молекулярные орбитали в ORCA

ORCA умеет выводить молекулярные орбитали в виде стандартного cube — файла. Всякие рендеры и подобные данные хранятся в группе %plots, А нижеследующие параметры создадут 2 cube файла из 19 и 20 орбиталей для последующий визуализации (например Chemcraft). Две орбитали в один файл засовывать не хочет. %plots Format Cube MO(«19.cube»,19,0); MO(«20.cube»,20,1); end

Использование готовой волновой функции в качестве начального приближения

ORCA Дополнительные данные в ORCA сохраняются в .gbw файлах. Это паршивые бинарники, которые открываются только самой ORCA. Взять готовые орбитали из .gbw: %moinp «название.gbw» Firefly Орбитали в Firefly сохраняются в PUNCH файле. Это простой plain text файл, который содержит разную информацию, в том числе и волновые функции для каждого шага оптимизации. Они начинаются с группы […]

Задание диффузных функций

Firefly QC $basis DIFFSP=.t. #для всех тяжелых атомов (Li-F, Na-Cl, Ga-Br, In-I, Tl-At) DIFFS=.t.  #для атома H ORCA %basis Параметр diff _p #для всех тяжелых атомов (Li-F, Na-Cl, Ga-Br, In-I, Tl-At) _pp  #для всех атомов

<-- Записки постарше