Destio небольшой блог

   

Gaussian

Термохимия в Gaussian

Для того чтобы Gaussian рассчитал всю термохимию достаточно указать параметр freq во входном файле. При этом, дополнительно к электронной энергии, будут рассчитаны такие параметры как энергия нулевых колебаний ZPE, энтропия и термические поправки к энергии. Из этих чисел несложно получить энергию Гиббса и энтальпию, которые тоже появляются в результатах. По умолчанию расчет идет для температуры […]

,

Ошибки Gaussian

Ошибки со сходимостью Error in internal coordinate system Error termination via Lnk1e in /opt/q/g09/l103.exe at Sun Sep 16 21:42:43 2012. Command exited with non-zero status 1 В этом случае обычно помогает оптимизация с использованием декартовой системы координат Opt(Cartesian). При этом использование параметра Cartesian может приводить к осложнениям с оптимизацией геометрии и просто ухудшать сходимость, поэтому его […]

Как бороться с мнимыми частотами

Чем больше и несимметричнее система, с которой приходится работать, тем чаще при оптимизации появляются мнимые частоты с небольшими значениями (особенно если используются модели вроде PCM). Это неприятно, неудобно и вызывает сомнения в качестве полученных результатов. Как правило, с помощью некоторых способов, их комбинаций и такой-то матери, от частот обычно можно избавиться. Подробнее о способах: I. […]

Учет неспецифической сольватации в Gaussian 09

Обычный учет растворителя При неспецифическом учете растворителя, итоговая энергия включает в себя все поправки и выглядит следующим образом: SCF Done: E(RTPSS-TPSS) = -797.383911417 A.U. after 15 cycles Convg = 0.2583D-08 -V/T = 2.0032 По умолчанию Gaussian 09 не производит учет неэлектростатических взаимодействий с растворителем. Чтобы это исправить, нужно добавить параметр Read к группе SCRF: SCRF=(Solvent=Water,Read) […]

, ,

Изменения параметров при расчете в PCM

Влияние величины alpha на энергетические характеристики Alpha это масштабирующий коэффициент для Ван-дер-ваальсовых сфер при расчетах в PCM. В Gaussian 09 по умолчанию равен 1.1 (в Gaussian 03 — 1.2). Изменение alpha приводит к изменениям в геометрических и энергетических характеристиках. Исключение составляет энтропия, которая или не меняется вообще, или меняется очень мало. Изменение энергии Гиббса при […]

, ,

Запуск Gaussian

Небольшой перлоскрипт для запуска расчетов в Gaussian. Свойства: 1. Ест входные файлы с расширением .inp и выдает .out файлы. Оба типа можно изменить прямо в теле скрипта. Можно запускать по маске, удобнее всего *. 2. При запуске с параметром chk выдаст готовые Formatted Checkpoint файлы .fchk с названием входных файлов. Для корректной работы необходимо наличие […]

,

Natural Bond Orbital Analysis (NBO) в Gaussian

Gaussian NBO Version 3.1 Чтобы он произвел расчет по умолчанию, достаточно указать pop=NBO. Если нужно задать дополнительные параметры, то нужно использовать pop=NBORead Тогда в конце входного файла можно будет задать дополнительные параметры для NBO анализа, указанные в официальной документации. Например изменить пороговое значение для вывода донорно-акцепторных взаимодействий на 5ккал/моль: $NBO E2PERT=5 $end

Очередь заданий в Gaussian

Пример входного файла, делающего TD-DFT расчет первых десяти возбужденных состояний для оптимизированной на первом шаге молекулы. Geom=Checkpoint и Guess=Read показывают, какую информация нужно брать из .chk файла. Аналогично можно начать расчет заново при условии наличия checkpoint. %Chk=/tmp/g09/1 #P Opt TPSSTPSS/6-311+G(d,p) Comment 0 1 6 1.097281000 0.353792000 0.000000000 7 0.000000000 1.062321000 0.000000000 —Link1— %Chk=/tmp/g09/1 #P TPSSTPSS/6-311+G(d,p) Geom=Checkpoint […]

Расчеты спектров в УФ и видимой области

Расчеты УФ спектров методом Time-dependent density functional theory (TDDFT) Gaussian Для получения УФ спектра нужно задать параметр TD, а NSTATES (3 по умолчанию) показывает количество состояний, которые нужно найти (число полос). Например TD=NSTATES=10 Расчет TD работает только для SP, поэтому чтобы получить спектры для конечной структуры оптимизации, их нужно задавать через очередь заданий.

Работа с Gaussian

Особенности задания методов учета электронной корреляции При задании гибридного метода нужно указывать как обменную, так и корреляционную части, поэтому метод TPSS будет выглядеть как TPSSTPSS, а PBE0 как PBE1PBE Вывод значений энергии Если выходные файлы открывать в Chemcraft, то будут показываться значения энергии, указанные как SCF Done, то есть не включающие ни термические поправки (даже […]

<-- Записки постарше